Zentren der Ausbreitung der Reformation waren im Salz­kammer­gut die Orte der Salzgewinnung und des Salztransportes - Hallstatt mit Obertraun, Ischl, Lauffen, Goisern, Gosau und Aussee. Neben den Salzarbeitern wandten sich vor allem Bürger und Bauern der neuen Lehre zu; selbst die Benediktinerinnen des Traun­kirchner Klosters waren schon früh evangelisch gesinnt.

Der Niedergang und das Ende des Klosters (1573) verstärkten den Einfluss des evangelischen Salzamtmannes und der Beamten des Gmundner Salzamtes auf die Ernennung der Pfarrer in den Traunkirchner Klosterpfarren. Auf diese Weise entstand von Gmunden bis Aussee ein evangelisches Kirchenwesen, das sich bis zum Beginn der Gegenreformation unter Kaiser Rudolf II. im Jahre 1597 fast ungestört entfalten konnte.

 

In Traunkirchen setzte die Rekatholisierung, vorangetrieben durch die katholischen Administratoren des Klosters, schon früh ein; nach der Einsetzung eines katholischen Pfarrers durch Abt Erhard von Kremsmünster bildeten Kloster und Pfarre ab 1537 eine katholische Insel inmitten einer protestantischen Umgebung.

In Gmunden, Münster und den Pfarren des Kammergutes konnte die Gegenreformation dagegen erst in den Jahren zwischen 1598 und 1602 nach der Ablösung des evangelischen Salzamtmannes in Gmunden und gegen den erbitterten Widerstand eines Großteils der Bevölkerung, der sich in Hallstatt und Ischl zur offenen Rebellion zuspitzte, durchgesetzt werden. Freilich erschöpfte sich diese in der Vertreibung protestantischer Prediger und der Einsetzung katholischer Pfarrer, in der Bevölkerung blieb der Protestantismus tief verwurzelt. Daran änderten auch Strafgerichte mit Todesurteilen, Aufforderungen an die Salzarbeiter, katholisch zu werden oder auszuwandern, sowie Deportationen wie beispielsweise jene von 624 Evangelischen aus dem Salzkammergut nach Siebenbürgen in den Jahren 1734 bis 1737 wenig.

Mit der Übergabe des Klosters Traunkirchen an das Passauer Kolleg im Jahr 1622 übernahmen hier die Jesuiten mit der Seelsorge auch den Kampf gegen den Protestantismus und führten in den zur Residenz gehörenden Pfarren entsprechen­de Maßnahmen durch. Aber auch ihren Bemühungen, die Bevölkerung dem katholischen Glauben zurückzugewinnen, war wenig Erfolg beschieden, wie sich nach dem 1781 erlassenen Toleranzedikt Kaiser Josefs II. herausstellen sollte. Sogar in Traunkirchen selbst verewigten die Protestanten ihre Toten mittels Felszeichnungen in den Felsen des Baalsteins.

 

 

Die Jahre zwischen 1624 und  1781 waren die Zeit des Geheim­protestantismus im Salz­kam­mer­­­gut. Die Evangelischen unterwarfen sich nur äußerlich, im Geheimen hielten sie an ihrer Gesinnung fest; sie hielten weiterhin ihre Andachten und lasen die lutherischen Bücher. Die evangelischen Salzbeamten in Gmunden hatten schon 1599 darauf hingewiesen, dass das Salzwesen durch die Auswanderung der Facharbeiter empfind­lichen Schaden erleiden würde. So waren es wohl auch wirtschaftliche Überlegungen, die auch die neuen katholischen Beamten zu einer gewissen Zurückhaltung bei der Durchsetzung der Gegen­reformation veranlassten, wenn nur die Ruhe gewahrt blieb.