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Dem Abzug der Romanen aus Ufernorikum und ihrer Umsiedlung nach Italien im Jahr 488 dürfte sich bei weitem nicht die gesamte Bevölkerung angeschlossen haben; auch im Salzkammergut ist deshalb
zunächst von einer gewissen Siedlungskontinuität auszugehen. Hinweise auf nicht abgewanderte Romanen geben Ortsnamen wie Walchen und Seewalchen, die sich im äußeren Salzkammergut
und im Attergau häufen. Generell ist im Frühen Mittelalter aber mit einem Rückgang der Bevölkerung und der Siedlungen als Folge der Kriege und Verwüstungen der Völkerwanderungszeit zu
rechnen. Dies bildet die Voraussetzungen für die slawische Landnahme im Inneren Salzkammergut (um Ischl und Aussee) und die Besiedlung durch die Bajuwaren (Bayern), die ab der 2. Hälfte des 6.
Jahrhunderts in mehreren Wellen vom Norden her der Traun entlang vorstießen.
In Traunkirchen versiegen mit dem Ende der Römerzeit die archäologischen Quellen. Da es für beinahe ein halbes Jahrtausend auch an schriftlichen Aufzeichnungen und Urkunden mangelt, stehen für das Frühmittelalter nur Quellen aus späterer Zeit, vor allem Flur- und Siedlungsformen, Orts- und Flurnamen zur Verfügung. Die Anfänge mittelalterlicher Besiedlung in Traunkirchen liegen im Dunkeln. Zwar suggerieren verschiedene Sagen, die sich um den Johannesberg ranken, eine Kontinuität der dortigen Kultstätte über die Römerzeit hinaus, das Fehlen frühmittelalterlicher Keramik im Fundgut spricht aber eine andere Sprache; die älteste hier gefundene Keramik datiert erst vom Ende des 11. und Anfang des 12. Jahrhunderts.
Auch Ortsnamen und Siedlungsformen lassen vermuten, dass der Beginn der bis heute andauernden Besiedlung an die Wende vom Früh- zum Hochmittelalter zu datieren ist. In der Zone unterhalb der damals dicht bewaldeten Rücken von Grasberg, Kolomansberg und Mühlbachberg dürften sich die Spuren der frühesten Siedlungen in Form von 18 Doppelhöfen und Kleinstweilern mit drei Höfen erhalten haben. Die Namen auf -dorf (Webersdorff, Mitterndorf, Dorf) weisen auf eine hochmittelalterliche Entstehungszeit hin, die Namen Mühlbach, Sulzbach, vielleicht auch "Sihersbach" (Siegesbach) könnten frühmittelalterlich sein. Die ältesten Ortsnamen auf -ing und -ham fehlen dagegen völlig; dabei ist aber zu bedenken, dass etwaige ältere Siedlungen samt ihren Namen in den Ungarnstürmen der Zeit zwischen 907 und 955 untergegangen sein könnten.