Die bedeutendste, noch bis heute sichtbare Leistung der Jesuiten in Traunkirchen stellen die von ihnen geschaffenen bzw. in Auftrag gegebenen Kunstwerke dar, von denen einige - Kloster, Fischerkanzel, Statue des heiligen Nepomuk - an dieser Stelle schon vorgestellt wurden.
1631 wurde mit dem Umbau der Klosterkirche begonnen, der Brand von 1632, der das gesamte Kloster zerstörte, machte eine völlige Neugestaltung von Kirche und Stiftsgebäuden notwendig; sie erfolgte im Stil des Frühbarock. Gleichzeitig wurde auch eine Neugestaltung der Johannesberg-kapelle und der Nikolauskirche durchgeführt; alle drei Gotteshäuser konnten 1652 geweiht werden.
Die nächste Periode des Kunstschaffens der Jesuiten begann 1690 mit der Anlage des Kalvarienberges samt Kalvarienbergkirche. Sie wurde zum Vorbild für eine Reihe ähnlicher Kalvarienberge im Salzkammergut.
Von der frühbarocken Innenausstattung der Klosterkirche - in der Chronik der Residenz ist die Rede von 14 Altären - hat sich nichts erhalten. Die heutige spätbarocke Ausstattung mit Nepomuk-Altar, Fischerkanzel, Hochaltar, Ignatius-Altar und Gobelins mit Szenen aus dem Leben der Ordensheiligen stammt aus der Zeit zwischen 1740 und 1754.
Die Jesuitenchronik:
Die Geschichtsschreibung zählte allem Anschein nach nicht zu den bevorzugten Tätigkeiten der Traunkirchner Patres. 1639 und wieder 1649 wurde vom Provinzial die Erstellung einer Historia verlangt, Anordnungen, die 1684 - und diesmal mit mehr Nachdruck - wiederholt werden mussten. Die erhaltene Historia Resindentiae Traunkirchensis ist um 1700 begonnen worden; die Darstellung der Jahre 1622 bis 1628 stammt von einer Hand, von anderen Schreibern wurde sie bis 1677 weitergeführt. Als erster namentlich bekannter Traunkirchner Geschichtsschreiber führte Pater Franziskus Stumpf die Historia bis 1728; erst in den folgenden Jahren wird die Darstellung durch den Wechsel verschiedener Schreiber als zeitgenössische Chronik fassbar.
Breit gestreut sind die aufgezeichneten Denkwürdigkeiten: Wir hören von der Menge der jährlich vom Brauhaus gebrauten Biers, die Bestätigungen der Privilegien des Klosters durch neue Herrscher sind ebenso vermerkt wie Kaiserbesuche und Kontakte mit dem Salzoberamt in Gmunden und der Nachbarherrschaft Ort. Besitzveränderungen durch Kauf oder Tausch finden ebenso Erwähnung wie Kriege und ihre Folgen, Seuchen, Hungersnöte und Missernten, ungewöhnliche Wetterphänomene und wundersame Ereignisse.
Nachrichten gibt es auch aus dem Klosterort: Er verfügte über eine Pfarrschule und neben den uralten Landwirtschaften auch schon über zahlreiche Gewerbetreibende. Genannt werden ein Bote, die Taverne, Brauerei und Weinkellerei, zwei Fischer und je ein Bader (Wundarzt), Fleischhauer,, Schlosser, Zimmermann, Kramer, Binder und Drechsler, ein Wirt und ein Bäcker am Stein, mehrere Mühlen am Mühlbach und eine in Karbach.